Que yo sepa, si juegas wifi con amigos independentemente de como sea el Pokémon, te deja jugar perfectamente. Donde no te deja es en la opción de wifi Global contra gente random, ya que ahí sí que siguen un control anti-hack xd
Sobre los pokémon, cada stat pude tener como máximo 31 IVs (da igual si todos tienen 31, es legal) y sobre los EVs te diré que la cantidad que puede tener un Pokémon es un total de 510 (que normalmente sobran 2 porque no suman nada teniendo en cuenta que 4 EVs equivalen a +1 en Stat). Ya te digo, si juegas con amigos con opción local o wifi, no debería darte problemas.
Yo cuando hago Pokémon con Pokesav para torneos o jugar con conocidos, sólo modifico los stats, los movimientos, el tipo de pokéball (viene la Cherris Ball por defecto, y sólo se consigue por eventos), el Pokerús, la ID mía, la naturaleza, la habilidad y creo que nada más xd Me refiero a que el tema de localización y tal lo dejo en blanco (nadie lo va a ver). Y cuidado con los movimientos huevo, que aunque te diga que X Pokémon puede aprender X movimientos, siempre hay algunos que no podrá pillar a la vez.
Por cierto, hablas de Pokémon Blanco/Negro, ¿no? xd Lo digo porque si hablas de Pokémon Battle Revolution, ahí sí que hay un control anti-hack y hay que hacer el pokémon lo más discreto posible de la ilegalidad xd